上海生科院成立于1999年7月3日，由中国科学院原上海生物化学研究所、上海细胞生物学研究所、上海生理研究所、上海脑研究所、上海药物研究所、上海植物生理研究所、上海昆虫研究所和上海生物工程研究中心等8个生命科学研究机构经过结构调整、体制创新组建而成，中国科学院国家基因研究中心、上海生命科学研究中心、上海实验动物中心、上海文献情报中心等也先后整建制并入。上海生科院共有生物化学与细胞生物学研究所、神经科学研究所、上海药物研究所、植物生理生态研究所、健康科学研究所、营养科学研究所、上海巴斯德研究所、计算生物学研究所、上海植物逆境生物学研究中心、中科院-二军大转化医学研究院等10个研究机构（上海药物研究所和上海巴斯德研究所为独立法人研究单元），生命科学信息中心、上海实验动物中心等2个支撑单元，中国科学院上海辰山植物科学研究中心、中国科学院上海临床研究中心、上海工业生物技术研发中心、上海生物医学工程研究中心、中国科学院湖州应用技术研究和产业化中心等5个院地合作共建机构。
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