重点实验室前身为1993年在吴征镒院士提议下成立的所级生物多样性与生物地理学开放研究实验室，于2006年12月进入院重点实验室行列，曾用名“中国科学院生物多样性与生物地理学重点实验室”，2013年4月经中国科学院院长办公会议审议批准更为现用名，依托单位为中国科学院昆明植物研究所。重点实验室以生物多样性、生物地理及系统演化为主要研究方向，将生物多样性高度富集的我国西南和喜马拉雅地区作为重点研究区域，紧盯东亚植物区系中的重要关键类群，整合植物系统学、生物地理学、古生物学、分子生物学和基因组学等多学科，开展生物多样性形成与演化、生物地理格局成因和适应性进化等研究，揭示东亚植物区系的起源和演化机制，为生物多样性基础研究和保护做出重大贡献。
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