分子植物卓越中心是基于植物生理生态研究所而新建的实体化运作的四类机构，自2020年3月16日起成为中国科学院直属的独立事业法人科研机构。植物生理生态研究所系由原中国科学院上海植物生理研究所与原中国科学院上海昆虫研究所于1999年5月19日整合而成。分子植物卓越中心将聚焦植物遗传、发育、生理及其与环境互作的重大基础科学问题及科技前沿，开展原创性、系统性的基础和应用基础研究，为现代农业、生态环境和人民健康服务。五个重点培育方向： 植物生长发育的分子机理，植物表观遗传调控机制研究，昆虫-微生物-植物分子互作，昆虫发育与环境适应的分子机制，人工合成生物与先进生物制造。
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