图书馆由校本部图书馆和呈贡校区图书馆两部分组成，总面积75375平方米。截止2014年12月，学校总藏书量为3008610册（其中图书馆藏书2766592册；资料室藏书242018册），藏书以生物生态学、历史学、民族学及地方民族文献为收藏重点和收藏特色，170170册古籍线装书及2000余种民国时期报刊为珍藏。另有电子图书841130册，中外文数据库100余个。
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